微波萃取仪的基本原理是微波直接作用于被分离物，即微波直接作用于样品基体内。如果这作用于分子，就会促进分子的旋转运动。分子此时只要具有一定的极性，通过微波瞬间*化，频率2450MHz，分子以24.5亿次/秒的速度进行极性转换运动，发生键的振动、断裂和粒子之间的摩擦、碰撞，分子活性部分(极性部分)的接触和反应变得更好。由于产生大量热能的物质不同，介电常数也不同，吸收微波的能量程度也不同，产生的热能和传递到周围环境的热能也不同。对于微波场，基质物质的区域或萃取系统的成分根据吸收微波的能力而被选择性地加热，可以从基质或系统中分离萃取物。
微波萃取仪的使用注意事项：
1、操作前确认罐体外壁无水珠，以免加热过程中吸收微波能量。
2、内罐使用前可用5%硝酸或洗洁精溶液浸泡以保持洁净。
3、罐体可在水中进行冷却，注意水位线不要越过外罐高度，否则可能污染样品。
4、矩扳手拧紧罐体时，只需听见*声响声即表示罐体已拧紧，忌重复拧紧。
5、实验完毕开罐时应在通风橱中完成，由于罐中有溶剂，开罐时应小心缓慢 。 
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